督察认为，自治区和新疆兵团牢固树立新发展理念，把生态文明建设和环境保护作为实现社会稳定和长治久安总目标的重要内容，坚决扛起生态文明建设的政治责任，生态环境保护取得积极进展。积极推进环境保护重点工作，2013年以来，投资500多亿元实施以“煤改气”为核心的乌鲁木齐市大气污染综合治理工程，新建城镇污水处理设施25座，日处理污水能力增加70.7万吨。推进塔里木河流域综合治理，结束了下游河道连续干涸近30年的历史，台特玛湖恢复400多平方公里的水面和湿地，下游绿色走廊再现生机。加强伊犁河、额尔齐斯河、额敏河保护，三条跨境河流水质持续多年保持优良。
自治区、新疆兵团高度重视中央环境保护督察，严肃查处群众举报环境案件并向社会公开。截至2017年10月31日，督察组转办的2905件群众举报案件已基本办结，共责令整改2182家，立案处罚548家，罚款6820万元，立案侦查1件，拘留25人，约谈163人，问责1613人。其中兵团办结583件，责令整改457家，立案处罚79家，拘留1人，约谈10人，问责628人。
督察指出，自治区生态环境保护工作虽然取得积极进展，但近年来经济发展过度依赖能源资源开发，局部环境污染和生态破坏问题较为突出，环境保护力度和效果与中央要求和群众期盼仍有差距并存在问题。新疆兵团有些师市环境保护主体责任落实不够到位，管理机制尚不健全，局部地区生态环境问题较为突出。
督察强调，自治区和新疆兵团应根据《环境保护督察方案（试行）》要求，分别研究制定整改方案，在30个工作日内报送国务院。整改方案和整改落实情况要按照有关规定及时向社会公开。
